[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: تمام شماره‌ها :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
برای نویسندگان::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
بایگانی مقالات زیر چاپ::
بانک ها و نمایه نامه ها::
فرم پیش نیاز ارسال مقاله::
::
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
بانک ها و نمایه ها
DOAJ
GOOGLE SCHOLAR
..
:: دوره 29، شماره 4 - ( 5-1403 ) ::
جلد 29 شماره 4 صفحات 511-497 برگشت به فهرست نسخه ها
طراحی، ساخت و بررسی کیت تشخیصی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز در زمان واقعی(real-time PCR) کوویدـ19
محمدرضا زارع1 ، زهرا ابراهیمی‌فر2 ، محمد سبحانی لاری3 ، هادی شکرالله‌نیا روشن4 ، مقداد عبداله‌پور علی‌تپه 5
1- گروه بهداشت محیط، دانشکده علوم پزشکی لارستان، لارستان، ایران
2- کمیته تحقیقات دانشجویی، دانشکده علوم پزشکی لارستان، لارستان، ایران
3- مرکز تحقیقات بیولوژی سلولی و مولکولی، دانشکده علوم پزشکی لارستان، لارستان، ایران
4- گروه ویروس‌شناسی مولکولی، آزمایشگاه تشخیص طبی دکتر طیبی، قائمشهر، ایران
5- بخش فیزیولوژی و فارماکولوژی، انستیتو پاستور ایران، تهران، ایران ، abdollahpour1983@yahoo.com
چکیده:   (151 مشاهده)
زمینه و هدف: تشخیص دقیق و حساس RNA کوویدـ19 از ارزش تشخیصی بسیار بالایی برخوردار است. واکنش زنجیره‌ای پلیمراز در زمان واقعی(real-time PCR) دقیق‌ترین تست تشخیصی(استاندارد طلایی) کوویدـ19 شناخته می‌شود که RNA یا ماده ژنتیکی اختصاصی ویروس را ردیابی می‌کند و می‌تواند ویروس را طی چند روز پس از ابتلا به عفونت تشخیص دهد. لذا هدف از این مطالعه, تعیین و طراحی یک روش حساس بر پایه Real-time PCR برای تشخیص کوویدـ19 می‌باشد.

روش بررسی: این یک مطالعه تجربی ـ کاربردی می­باشد. تمامی نمونه‌گیری‌ها و تست‌های آزمایشگاهی در مرکز آموزشی درمانی امام رضا(ع) لارستان، آزمایشگاه مولکولی تشخیص کرونا دانشکده علوم پزشکی لارستان و مرکز تحقیقات بیولوژی سلولی و مولکولی دانشکده علوم پزشکی لارستان در سال 1400 انجام شد. آغازگرها و کاوشگر اختصاصی کوویدـ19 برای جایگاه ژنی ژن‌های N و RdRp به وسیله نرم­افزار الیگو 7 طراحی و سپس با استفاده از سایت NCBI بلاست شد. پس از سنتز آغازگرها و کاوشگرها، کیت real-time PCR بر روی 100 نمونه مثبت امتحان و تست‌‍‌های حساسیت(sensitivity)، اختصاصیت(specificity)، پایداری(stability) و اعتبارسنجی(validation) انجام شد. داده­های جمع­آوری شده با استفاده از آزمون­ حساسیت و اختصاصیت بالینی تجزیه و تحلیل شدند.

یافته‌ها: کیت طراحی ‌شده در این مطالعه قادر به شناسایی تمامی نمونه‌های مثبت کوویدـ19 بود. در تست تعیین حساسیت، میزان حد تشخیص (Limit of Detection; LOD) کیت تشخیصی کوویدـ19 تولید شده در این مطالعه 40 کپی در میلی‌لیتر گزارش شد. با بررسی نمونه‌های منفی و مثبت، اختصاصیت و دقت این کیت 100 درصد بوده، فقط قادر به شناسایی ویروس کوویدـ19 بوده و تکرارپذیری بالا را نشان می‌دهد. کیت به‌خوبی شوک دمایی را تحمل کرده و دارای پایداری بالایی می‌باشد. علاوه‌براین، تفاوت معنی­داری بین کیت تولید شده در این مطالعه و کیت‌ تجاری خارجی وجود ندارد.

نتیجه‌گیری: با توجه به سطح حساسیت، اختصاصیت و هم­چنین دقت و پایداری مناسب در مقایسه با کیت‌های مشابه، این کیت می‌تواند برای تشخیص مؤثر ویروس کوویدـ19 مناسب باشد.

 
واژه‌های کلیدی: کیت تشخیصی، کوویدـ19، واکنش زنجیره‌ای پلیمراز
متن کامل [PDF 1339 kb]   (38 دریافت)    
نوع مطالعه: كاربردي | موضوع مقاله: میکروبیولوژی
دریافت: 1402/9/3 | پذیرش: 1403/6/25 | انتشار: 1403/7/9
فهرست منابع
1. Farnoosh G, Alishiri G, Hosseini Zijoud SR, Dorostkar R, Jalali Farahani A. Understanding the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and coronavirus disease (COVID-19) based on available evidence - a narrative review. Journal of Military Medicine 2020; 22(1): 1-11.##
2. Stein RA. The 2019 coronavirus: Learning curves, lessons, and the weakest link. Int J Clin Pract 2020; 74(4): e13488.## [DOI:10.1111/ijcp.13488]
3. Murdoch DR, French NP. COVID-19: another infectious disease emerging at the animal-human interface. N Z Med J 2020; 133(1510): 12-5.##
4. Yuki K, Fujiogi M, Koutsogiannaki S. COVID-19 pathophysiology: A review. Clin Immunol 2020; 215: 108427.## [DOI:10.1016/j.clim.2020.108427]
5. Huang C, Wang Y, Li X, Ren L, Zhao J, Hu Y, et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet 2020; 395(10223): 497-506.## [DOI:10.1016/S0140-6736(20)30183-5]
6. Habas K, Nganwuchu C, Shahzad F, Gopalan R, Haque M, Rahman S, et al. Resolution of coronavirus disease 2019 (COVID-19). Expert Review of anti-Infective Therapy 2020; 18(12): 1201-11.## [DOI:10.1080/14787210.2020.1797487]
7. Zhu N, Zhang D, Wang W, Li X, Yang B, Song J, et al. A novel coronavirus from patients with pneumonia in china, 2019. The New England Journal of Medicine 2020; 382(8): 727-33.## [DOI:10.1056/NEJMoa2001017]
8. Karim B, Barary M, Fereydouni Z, Sanjari E, Hosseinzadeh R, Salehi-Vaziri M, et al. The nuts and bolts of recombination in the generation of SARS-CoV-2 variants; from XA to XBB. Letters in Applied Microbiology 2024; 77(8); 1-14.## [DOI:10.1093/lambio/ovae074]
9. Liu YC, Kuo RL, Shih SR. COVID-19: The first documented coronavirus pandemic in history. Biomed J 2020; 43(4): 328-33.## [DOI:10.1016/j.bj.2020.04.007]
10. Rai P, Kumar BK, Deekshit VK, Karunasagar I, Karunasagar I. Detection technologies and recent developments in the diagnosis of COVID-19 infection. Appl Microbiol Biotechnol 2021; 105(2): 441-55.## [DOI:10.1007/s00253-020-11061-5]
11. Stasi C, Fallani S, Voller F, Silvestri C. Treatment for COVID-19: An overview. Eur J Pharmacol 2020; 889: 173644.## [DOI:10.1016/j.ejphar.2020.173644]
12. Yang L, Liu S, Liu J, Zhang Z, Wan X, Huang B, et al. COVID-19: immunopathogenesis and Immunotherapeutics. Signal Transduct Target Ther 2020; 5(1): 128.## [DOI:10.1038/s41392-020-00243-2]
13. Magalhaes E, Stoner A, Palmer J, Schranze R, Grandy S, Amin S, et al. An Assessment of Mental Health Outcomes During the COVID-19 Pandemic. Community Ment Health J 2021; 57(7): 1267-77.## [DOI:10.1007/s10597-021-00876-9]
14. Maleki A, Mehrbod P, Bokharaei-Salim F, Eybpoosh S, Tavakoli M, Mohammadnejad AE, et al. Epidemiological surveillance of respiratory viral infections in SARS-CoV-2-negative samples during COVID-19 pandemic in Iran. Virol J 2023; 20(1): 296.## [DOI:10.1186/s12985-023-02226-5]
15. Worldometer [Available from: https://www.worldometers.info/coronavirus/.##
16. Majumder J, Minko T. Recent Developments on Therapeutic and Diagnostic Approaches for COVID-19. AAPS J 2021; 23(1): 14.## [DOI:10.1208/s12248-020-00532-2]
17. Ochani R, Asad A, Yasmin F, Shaikh S, Khalid H, Batra S, et al. COVID-19 pandemic: from origins to outcomes. A comprehensive review of viral pathogenesis, clinical manifestations, diagnostic evaluation, and management. Infez Med 2021; 29(1): 20-36.##
18. Sadat Larijani M, Biglari A, Sorouri R, Salehi-Vaziri M, Doroud D, Azadmanesh K, et al. Lessons from COVID-19 Pandemic: A Successful Policy and Practice by Pasteur Institute of Iran. Iran Biomed J 2024; 28(1): 1-7.## [DOI:10.61186/ibj.3964]
19. Saneei D, Jamshidi S, Ghalyanchi Langeroudi A, Akbarein H, Nadji SA, Shoarzargari L, et al. Molecular detection of SARS-CoV-2 in domestic cats in close contact with positively-infected owners in Tehran, Iran in 2021. JFMS Open Rep 2023; 9(2): 20551169231172620.## [DOI:10.1177/20551169231172620]
20. Ahmadi Z, Maleki A, Eybpoosh S, Fereydouni Z, Tavakoli M, Kashanian S, et al. Comparison of a multiplex real-time pcr technique with oxford nanopore technologies next-generation sequencing for identification of SARS-CoV-2 variants of concern. Intervirology 2023; 66(1): 136-41.## [DOI:10.1159/000534067]
21. Yuce M, Filiztekin E, Ozkaya KG. COVID-19 diagnosis -A review of current methods. Biosens Bioelectron 2021; 172: 112752. [DOI:10.1016/j.bios.2020.112752]
22. Espejo AP, Akgun Y, Al Mana AF, Tjendra Y, Millan NC, Gomez-Fernandez C, et al. Review of current advances in serologic testing for COVID-19. Am J Clin Pathol 2020; 154(3): 293-304.## [DOI:10.1093/ajcp/aqaa112]
23. Tahamtan A, Ardebili A. Real-time RT-PCR in COVID-19 detection: issues affecting the results. Expert Rev Mol Diagn 2020; 20(5): 453-4.## [DOI:10.1080/14737159.2020.1757437]
24. Abbas S, Rafique A, Abbas B, Iqbal R. Real-Time Polymerase chain reaction trends in COVID-19 patients. Pak J Med Sci 2021; 37(1): 180-4.## [DOI:10.12669/pjms.37.1.3000]
25. Trujillo AA, McCaustland KA, Zheng DP, Hadley LA, Vaughn G, Adams SM, et al. Use of TaqMan real-time reverse transcription-PCR for rapid detection, quantification, and typing of norovirus. J Clin Microbiol 2006; 44(4): 1405-12.## [DOI:10.1128/JCM.44.4.1405-1412.2006]
26. Medhurst AD, Harrison DC, Read SJ, Campbell CA, Robbins MJ, Pangalos MN. The use of TaqMan RT-PCR assays for semiquantitative analysis of gene expression in CNS tissues and disease models. J Neurosci Methods 2000; 98(1): 9-20.## [DOI:10.1016/S0165-0270(00)00178-3]
27. Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M, Aflatoonian B. Comparison five primer sets from different genome region of COVID-19 for detection of virus infection by conventional RT-PCR. Iran J Microbiol 2020; 12(3): 185-93.## [DOI:10.18502/ijm.v12i3.3234]
28. Cho H, Jung YH, Cho HB, Kim HT, Kim KS. Positive control synthesis method for COVID-19 diagnosis by one-step real-time RT-PCR. Clin Chim Acta 2020; 511: 149-53.## [DOI:10.1016/j.cca.2020.10.001]
29. Li D, Zhang J, Li J. Primer design for quantitative real-time PCR for the emerging Coronavirus SARS-CoV-2. Theranostics 2020; 10(16): 7150-62.## [DOI:10.7150/thno.47649]
30. Falzone L, Gattuso G, Tsatsakis A, Spandidos DA, Libra M. Current and innovative methods for the diagnosis of COVID‑19 infection (Review). Int J Mol Med 2021;47(6): 100.## [DOI:10.3892/ijmm.2021.4933]
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Zare M, Ebrahimifar Z, Sobhani Lari M, Shokrollahnia Roshan H, Abdollahpour-Alitappeh M. Design, Synthesis, and Evaluation of in-house Covid-19 Real-time PCR Diagnostic Kit. armaghanj 2024; 29 (4) :497-511
URL: http://armaghanj.yums.ac.ir/article-1-3563-fa.html

زارع محمدرضا، ابراهیمی‌فر زهرا، سبحانی لاری محمد، شکرالله‌نیا روشن هادی، عبداله‌پور علی‌تپه مقداد. طراحی، ساخت و بررسی کیت تشخیصی واکنش زنجیره‌ای پلیمراز در زمان واقعی(real-time PCR) کوویدـ19. ارمغان دانش. 1403; 29 (4) :497-511

URL: http://armaghanj.yums.ac.ir/article-1-3563-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 29، شماره 4 - ( 5-1403 ) برگشت به فهرست نسخه ها
ارمغان دانش Armaghane Danesh
Persian site map - English site map - Created in 0.21 seconds with 39 queries by YEKTAWEB 4660