Armaghane Danesh
ارمغان دانش
armaghanj
Medical Sciences
http://armaghanj.yums.ac.ir
1
admin
1728-6506
1728-6514
10.61186/armaghanj
en
jalali
1399
12
1
gregorian
2021
3
1
26
1
online
1
fulltext
fa
دقت روش REP-PCR در ژنوتایپینگ ایزولههای انتروکوکوس فاسیوم جدا شده از گوشت قرمز به عنوان عامل عفونتهای ناشی از غذا
Accuracy of REP-PCR Method in Genotyping of Enterococcus faecium Isolated From Red Meat as a Cause of Foodborne Infections
میکروبیولوژی
Microbiology
پژوهشي
Research
<strong><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">زمینه و هدف: </span></span></strong><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">افزایش مصرف غذا در خارج از منزل در جوامع مختلف خطر انتقال میکروارگانیسم­های بیماری­زا منتقله از غذا را به عنوان یک مشکل بهداشت جهانی مطرح کرده است. روش­های تایپینگ ملکولی نظیر </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Rep-PCR</span></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> الگو­های </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">DNA</span></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> برای تمایز و شناسایی سویه­های بیماری­زا را فراهم می­نمایند. هدف از این مطالعه بررسی دقت روش انگشتنگاری ملکولی مبتنی بر توالی­های تکرار شونده (</span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Rep-PCR</span></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">)، در تعیین قرابت بین ایزوله­های مختلف <em>انتروکوکوس فاسیوم</em> جدا شده از گوشت گوساله به عنوان عامل عفونتهای ناشی از غذا بود.</span></span><br>
<br>
<br>
<strong><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">روش بررسی: </span></span></strong><span style="background:white;"><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">این یک مطالعه توصیفی تحلیلی است که به صورت مقطعی در سال 1397انجام شد. </span></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">80 نمونه گوشت با روش­های بیوشمیایی و ملکولی از نظر وجود </span></span><em><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">انتروکوکوس فاسیوم</span></span></em><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> مورد بررسی قرار گرفتند و الگوی ملکولی قطعات </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">DNA</span></span></span> <span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">براساس حضور یا غیاب باندها و اندازه آنها در ژل الکتروفورزیس مشخص شد. دادههای جمعآوری شده با استفاده از آزمونهای </span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:11.0pt;">ضریب همبستگی کوفنتیک </span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">تجزیه و تحلیل شدند. </span></span><br>
<br>
<strong><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">یافته­ها: </span></span></strong><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">از </span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">میان</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> 80 نمونه</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> گوشت گوساله</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> مورد مطالعه</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">،</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> 66 نمونه(5/82 درصد) آلوده به <em>انتروکوک</em> شناسایی شد که تعداد30 نمونه(45/45 درصد) آلوده به <em>انتروکوکوس فاسیوم</em> بود</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">. بر اساس </span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">دستهبندی ژنتیکی به روش </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Rep</span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">-</span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">PCR</span></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">،</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> 30 ایزوله <em>انتروکوکوس فاسیوم</em></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> در 18 پروفایل قرار گرفتند. قرار گرفتن ایزوله­ها مورد مطالعه در چند زیر گروه نشانگر قدرت تمایز قابل قبول تکنیک </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Rep</span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">-</span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">PCR</span></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> در ژنوتایپینگ </span></span><em><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">انتروکوکوس فاسیوم</span></span></em><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"> می­باشد. </span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"></span></span><br>
<ul>
<li dir="RTL" style="margin-bottom:.0001pt;text-align:justify;text-justify:kashida;text-kashida:0%;direction:rtl;unicode-bidi:embed;"><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">نتایج تحقیق حاضر نشان داد که روش </span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">Rep</span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">-</span></span></span><span dir="LTR"><span style="font-family:Arial,sans-serif;"><span style="font-size:8.0pt;">PCR</span></span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">، روشی ساده، سریع و با قدرت تفرق بالایی جهت توصیف تنوع ژنتیکی سویههای <em>انتروکوکوس فاسیوم </em>می­باشد</span></span><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;">.</span></span></li>
</ul>
<br>
<strong><span style="font-family:Yagut;"><span style="font-size:10.0pt;"></span></span></strong>
<strong>Background & aim: </strong>Increasing food consumption outdoors in different societies has raised the risk of transmission of foodborne pathogens as a global health problem. Molecular typing methods such as REP-PCR produced DNA profiles for differentiation and characterization of pathogenic strains. The aim of the present study was to evaluate the accuracy of molecular fingerprinting method based on repeated sequences (rep-PCR) to determine the affinities between different of <em>Enterococcus faecium</em> isolated from beef meat as a cause of foodborne infections.<br>
<br>
<strong>Methods:</strong> The present cross-sectional descriptive-analytical study was conducted in 2018 on 80 meat samples examined by biochemical and molecular methods for the presence of Enterococcus faecium. The molecular pattern of DNA fragments was determined based on the presence or absence of bands and their size in gel electrophoresis. The collected data were analyzed using NTSYS software version 2.02e and <em>Cofenet correlation</em> coefficient.<br>
<br>
<strong>Results:</strong> Of the total 80 samples, 66 (82.5%) were identified as <em>Enterococcus</em>, while 30 (45.45%) were <em>Enterococcus faecium</em>. Based on Genetic Classification by Rep-PCR, 30 isolates of <em>Enterococcus faecium</em> were included in 18 profiles. Placement of the studied isolates in several subgroups showed the acceptable discrimination power of Rep-PCR technique in genotyping of <em>Enterococcus faecium</em>.<br>
<br>
<strong>Conclusion:</strong> The results of the present study revealed that Rep-PCR is a simple, fast, and highly dispersive method to describe the genetic diversity of Enterococcus faecium strains.and method with high dispersal ability to characterize the genetic diversity of <em>Enterococcus faecium</em> strains.<br>
<br>
انتروکوکوس فاسیوم, ژنوتایپینگ, گوشت قرمز
Enterococcus faecium, Genotyping, Red meat, Rep-PCR
104
116
http://armaghanj.yums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1984-2&slc_lang=fa&sid=1
MR
Radmehr
محمد رضا
رادمهر
mohamadrezashahraki703@gmail.com
100319475328460022683
100319475328460022683
No
Department of Microbiology, Shahrekord Branch, Islamic Azad University, Shahrekord, Iran
گروه میکروبیولوژی، واحد شهر کرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران
KH
Khashei Varnamkhasti
خلیل
خاشعی
khalil.khashei2016@gmail.com
100319475328460022684
100319475328460022684
Yes
گروه ژنتیک، واحد کازرون، دانشگاه آزاد اسلامی، کازرون، ایران
E
Tajbakhsh
الهه
تاج بخش
khalil.khashei2016@gmail.com
100319475328460022685
100319475328460022685
No
Department of Microbiology, Shahrekord Branch, Islamic Azad University, Shahrekord, Iran
گروه میکروبیولوژی، واحد شهر کرد، دانشگاه آزاد اسلامی، شهرکرد، ایران