Armaghane Danesh

fa شناسایی جایگاه‌های چند شکلی مهم بر روی ژن MSH2 در نمونه‌های سرطان کلورکتال با استفاده از آنالیز نقطه ذوب با وضوح بالا Identification of Important Polymorphic Sites on MSH2 Gene in Colorectal Cancer Samples Using High Resolution Melting Point Analysis بیوشیمی Biochemistry پژوهشي Research چکیده زمینه و هدف: سرطان کلورکتال(CRC) دومین سرطان شایع در کشورهای توسعه یافته است. بیشتر از 10 درصد CRC به صورت ارثی می‌باشد و شامل سندرم لینچ HNPCC وFAP  می‌باشد. ژن MSH2 بر روی کروموزم 2(p21) قرار دارد و از 16 اگزون تشکیل شده است. MSH2 پروتئینی است که در فرایند ترمیمی‌MMR بعد از همانندسازیDNA نقش دارد. پروتئین MSH2 به MSH6 یا MSH3 متصل شده و کمپلکس‌های MutSα و MutSβ را تشکیل می‌دهد که به ترتیب ناجورجفت‌های deletion/insertion کوچک و بزرگ را شناسایی می‌‌کنند. هدف اصلی این تحقیق بررسی کارایی و توانایی HRMA در تشخیص جهشهای حذفی سه نوکلئوتیدی و تعیین فراوانی این جهش‌ها در حالت هموزیگوس وهتروزیگوس در نمونه‌های سرطان روده بزرگ نسبت به گروه کنترل می‌باشد. روش بررسی: در پژوهش موردـ شاهدی که در سال 1396ـ 1395 انجام شد، به منظور ردیابی جهش حذفی سه نوکلئوتیدیGTG در موقعیت اگزون 12 ژن MSH2 از تکنیک HRMA استفاده شد. بدین منظور50 نمونه سرطان کلورکتال به همراه 50 نمونه سالم مورد بررسی قرار گرفت. ابتدا DNA ژنومی ‌از نمونه‌های بافت پارافینه سرطانی استخراج شد و سپس با تکنیک HRMA و تعیین توالی یابی مستقیم جهش حذفی سه نوکلئوتیدی GTG مورد بررسی قرار گرفت. کنترل‌های به کار گرفته شده شامل توالی 96 جفت بازی در حالت تیپ وحشی و 93 جفت‌بازی در حالت موتانت بود. نسبت مساوی از این دو برای حالت هتروزیگوس این جایگاه به کار گرفته شد. در نهایت تعداد نمونه‌های به دست آمده در هر گروه در آزمون تجزیه واریانس یک‌طرفه و مقایسه میانگین LSD مورد مقایسه آماری قرار گرفتند. یافته‌ها: تعداد نمونههای هتروزیگوس برای این جایگاه در نمونههای سرطان روده بزرگ به طور معنی‌داری نسبت به دو گروه هموزیگوس حاوی توالی و هموزیگوس حذف کامل بیشتر بود. در مجموع نتایج این پژوهش نشان داد که تکنیک HRMA قابلیت تفکیک حذف و الحاق جفت بازها به صورت هموزیگوس و هتروزیگوت را با توجه به اختلاف دمای ذوب(Tm) آنها را دارد نتیجه‌گیری: در مطالعه حاضر با توجه به نتایج به دست آمده فراوانی حذف سه نوکلئوتیدی GTG در نمونه‌های سرطانی نسبت به افراد سالم به صورت معنی‌داری بیشتر بود.   سرطان کلورکتال، HNPCC، تکنیکHRMA، ژن MSH2 Abstract Background and Aim: Colorectal cancer (CRC) is the second most common cancer in developed countries.  More than 10% of CRCs are inherited and include HNPCC and FAP ligation syndrome. The MSH2 gene is located on chromosome 2 (p21) and consists of 16 exons. MSH2 is a protein that plays a role in restorative MMR after DNA replication. The MSH2 protein is attached to MSH6 or MSH3 and forms MutSα and MutSβ complexes that identify small and large deletion / insertion abnormalities, respectively. The main objective of the present research was to evaluate HRMA's ability and effectiveness in detecting tri-nucleotide deletion mutations and determine the frequency of these mutations in homozygous and heterozygous states in colon cancer samples compared to control group.   Methods: In the present study, a case control was carried out in 2016-2017 to detect the mutations of the three nucleotide deletions of GTG in the position of exon 12 of MSH2 gene. For this purpose, 50 samples of colorectal cancer with 50 healthy samples were studied. At first, genomic DNA was extracted from paraffin tissue samples and then examined by HRMA technique and direct sequencing of the triple nucleotide deletion mutant GTG. The controls used included a sequence of 96 bat games in wild type and 93 bp in the mutant mode. Equal portions of these two were used for the heterozygous state of this site. Finally, the number of samples in each group was compared in one way ANOVA and LSD mean comparison.   Results: The number of heterozygous samples for the site in colon cancer samples was significantly higher than that of homozygous consecutive homozygos. In general, the results of the present study indicated that the HRMA technique had the ability to separate and remove the pairs of homozygos and heterozygotes according to their melting temperature (Tm)   Conclusion: According to the results of this study, the frequency of removal of the three nucleotide GTGs in cancerous samples was significantly higher than healthy ones.     سرطان کلورکتال, Colorectal Cancer, HNPCC, HRMA, MSH2 Gene 516 527 http://armaghanj.yums.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1192-1&slc_lang=fa&sid=1 M Nemati محسن نعمتی mohsennemati61@yahoo.com 100319475328460016037 100319475328460016037 No Department of Biochemical and molecular Sciences, Kharazmi University, Tehran, Iran, گروه زیست سلولی و مولکولی ، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران AH Angji سید عبدالحمید انگجی ershad110@yahoo.com 100319475328460016040 100319475328460016040 Yes Department of Biochemical and molecular Sciences, Kharazmi University, Tehran, Iran, گروه زیست سلولی و مولکولی ، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران S Aryan سعید آیریان irian@khu.ac.ir 100319475328460016039 100319475328460016039 No Department of Biochemical and molecular Sciences, Kharazmi University, Tehran, Iran, گروه زیست سلولی و مولکولی ، دانشگاه خوارزمی، تهران، ایران A Bahari عباس بهاری bahari@znu.ac.ir 100319475328460016038 100319475328460016038 No Department of Biotechnology, New Biotechnology Research Center, Zanjan University, Zanjan, Iran گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده فناوری‌های نوین زیستی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران